ขั้นตอนการทำงานของแอพพลิเคชั่น
ดังรูปต่อไปนี้เป็นการแสดงการไหลของข้อมูลตั้งแต่ต้นจนจบของระบบ

- หน้า index.php เป็นตัวควบคุมส่วนหน้า, สร้างทรัพยากรพื้นฐานที่ต้องการในการรัน CodeIgniter.
- Rounting : ตัว Router ทำการตรวจสอบ HTTP request กำหนดว่าควรจะทำอะไรกับมัน
- Caching : ถ้ามีไฟล์แคชอยู่ ตัวมันจะถูกส่งกลับทันทีไปยังบราวเซอร์ โดยไม่ผ่านการทำงานปกติของระบบ
- Security : ก่อนที่จะโหลดตัวควบคุมของแอพพลิเคชั่น (Application Controller) HTTP request และผู้ใช้ใดๆที่ส่งข้อมูลมาจะถูกกรองข้อมูลเพื่อความปลอดภัย
- Application Controller : โหลดแบบจำลอง(Model) , ไลบรารี่หลัก(Libraries) , plugins, ผู้ช่วย (Helpers) และทรัพยากรอื่นๆที่จำเป็นในทำงานที่ถูกร้องขอมา
- สุดท้าย View ปฎิบัติงานและถูกส่งกลับไปยังบราวเซอร์เพื่อโชว์หน้าจอ ถ้าระบบแคชถูกใช้งาน หน้าจอจะถูกแคชก่อนแล้วจึงค่อยส่งสิ่งที่ร้องขอมาเป็นลำดับถัดไป